兩段式洗瓶乃是先以清洗劑沖洗殺菌再沖洗無菌水，此種洗瓶方式殺菌效果佳而且比單段式洗瓶機較不會有清洗劑殘留於瓶內，所以兩段式洗瓶機能使用較高濃度的過醋酸或較高濃度的氯水作為殺菌劑，而我們的兩段式洗瓶機採用獨立管路設計，當清洗劑與無菌水交替切換時不會有混合現象，確保各段清洗能確實完成，增加殺菌與洗淨效果，但客戶需能提供無菌水才能使用。